Vào thời kì tiền Colombo, vùng lãnh thổ này chịu ảnh hưởng của nền văn minh Maya, rồi đến nền văn minh của người Indian Pipil với việc thành lập vương quốc Cuscatlán (vùng Đá quý). Năm 1524, Pedro de Alvarado, người Tây Ban Nha, chinh phục El Salvador. Quốc gia này thoát khỏi sự cai trị của Tây Ban Nha năm 1821 và trở thành một phần của đế quốc México. Thành viên của Liên hiệp các Tỉnh Trung Mỹ (1823-1838), El Salvador tuyên bố nền cộng hòa năm 1841.

Cuối thế kỷ XIX, đất nước lại xảy ra các cuộc xung đột liên tục giữa phe tự do và phe bảo thủ. Dưới chế độ độc tài của Tướng Maximiliano Martinez (1931-1944), nông dân nổi dậy chống đối và bị đàn áp dã man (1932). Năm 1950, Đại tá Oscar Osorio lên cầm quyền và thực hiện những cải cách xã hội.

Năm 1972, quân đội áp đặt ứng cử viên của họ để gạt bỏ ứng cứ viên đối lập, José Napoleón Duarte. Từ đó, chiến tranh du kích và khủng bố hoành hành khắp đất nước. Năm 1977, nội chiến bùng nổ. Năm 1979, nhóm đảo chính lên cầm quyền và được Hoa Kỳ ủng hộ. Từ năm 1980, Tổng thống J. N. Duarte tiến hành cải cách ruộng đất.

Năm 1992, các cuộc thương lượng giữa Chính phủ với lực lượng du kích kháng chiến đã dẫn đến việc ký hiệp định hòa bình, chấm dứt 11 năm nội chiến. Năm 1994, Armando Calderón Sol đắc cử Tổng thống. Năm 1997, Mặt trận Giải phóng Dân tộc Farabundo Marti chuyển thành một đảng phái chính trị chiếm được 27 trong tổng số 84 ghế trong cuộc bầu cử lập pháp. Năm 1999, Francisco Flores trở thành Tổng thống mới.